Европейският орган за безопасност на храните (ЕОБХ) предоставя независими научни съвети по всички въпроси, които имат пряко или косвено влияние върху безопасността на храните, включително здравето и състоянието на животните и опазването на растенията. Той осъществява също и консултации относно храненето, във връзка със законодателството на Общността. Органът подържа контакти с обществеността по отворен и прозрачен начин по всички въпроси от своята компетентност. Оценките на риска, изработени от ЕОБХ, доставят на органите, управляващи риск (институциите на ЕС с политическа отговорност, т.е. Европейската комисия, Европейския парламент и Съвета) стабилна научна база за политическо определяне на необходимите законодателни или регулаторни мерки за осигуряване на високо ниво на защита на потребителя по отношение на безопасността на храните.

Събирането и анализа на научни данни, установяването на възникващите рискове и оказването на научна помощ на Комисията, особено в случай на продоволствена криза, също са част от мандата на ЕОБХ, както е предвидено в учредителния Регламент (EО) No 178/2002 от 28 януари 2002 г.

ЕОБХ е съставен от четири структури:

Управителният съвет отговаря за осигуряване на ефективното и ефикасно функциониране на Органа. Съветът е отговорен за определянето на проектобюджета и работните програми, за контролиране на тяхното прилагане и за приемането на вътрешния правилник и разпоредби. Съветът също така назначава изпълнителния директор, членовете на научния комитет и групите от научни експерти.

Изпълнителният директор е законния представител на Органа и се отчита пред Управителния съвет. Назначаван за срок от пет години, с възможност за подновяване, той е отговорен за ежедневното административно управление и за всички въпроси свързани с персонала.

Изпълнителният директор се подпомага от съвещателно тяло, съставено от представители на компетентните органи на държавите-членки, които се занимават със задачи, сходни с тези на Европейския орган за безопасност на храните.

Становищата и съветите на ЕОБХ се предоставят от научния комитет и осем научни групи от експерти, всяка една от които е компетентна в определена област на оценка на рисковете. Научният комитет координира работата на експертните групи и се занимава с многоотраслови въпроси от общо значение (напр. методология за оценка на въздействие при излагане на опасност).