Сметната палата е направила 42 одита за усвояването на еврофондовете
Проверени са 16 проекта по програма ФАР, осем - по ИСПА и пет по програма САПАРД. В резултат на тях са констатирани множество слабости и нередности. Най-често забавянето на проектите се дължи на забавянето на документацията по сключването на тръжни процедури и договори. Друг проблем е административният капацитет и ненавременното определяне на длъжностни лица. Освен това Сметната палата е установила и липса на добра координация и комуникация както между институциите, така и между звената по проектите. Друг проблем е текучеството на експерти.
Втори голям кръг проблеми е свързан с изпълнението на проектите. Установена е липса на контрол по време на изпълнението на проектите, както и проверяването на тяхната законосъобразност. Допълнителен източник на проблеми произтича и от съхранението на документацията по тях. При някои проекти документите изобщо не са съхранени.
Сметната палата е констатирала също така и конфликт на интереси. През 2007 г. са направени одити на управляващите органи на оперативните програми по "Административен капацитет" и "Регионално развитие".