La commission est en charge du contrôle de l‘exécution du budget de l'Union et du Fonds européen de développement ainsi que des comptes et du bilan de l'Union, de ses institutions et de tous les organismes bénéficiant de son financement. La commission évalue le rapport coûts-bénéfices des différents financements communautaires de l'exécution des politiques de l'Union. Elle veille à la protection des intérêts financiers de l'UE en général et examine les fraudes et irrégularités affectant l'exécution du budget de l'Union. La commission contrôle les activités financières de la Banque européenne d'investissement et elle est également en charge des relations avec la Cour des comptes et de la nomination de ses membres.