42 Rechnungsprüfungen von der Verwendung der EU-Fonds hat der Rechnungshof für die Periode 2005-2008 durchgeführt. Dies berichtete vor dem parlamentarischen Ausschuss für Bekämpfung der Korruption der Präsident des Rechnungshofes Waleri Dimitrow, zitiert von der Zeitung „Dnewnik". Infolge der Rechnungsprüfungen wurden 171 Empfehlungen ausgefertigt, die meisten von denen wurden in den jeweiligen Institutionen genehmigt.

Geprüft wurden 16 Projekte im Rahmen des Programms PHARE, 8 Projekte von ISPA und 5 vom Programm SAPARD. Als Ergebnis wurden eine Menge von Schwächen und Missständen festgestellt. Am häufigsten ist die Verzögerung der Projekte auf die Verzögerung der Dokumentation in Bezug auf den Abschluß von Auktionsverfahren und Verträgen zurückzuführen. Weiteres Problem ist die Verwaltungskapazität und die nichtrechtzeitige Einstellung von Amtpersonen. Außerden hat der Rechnungshof auch das Fehlen von guter Koordination und Kommunikation sowohl zwischen den Institutionen, wie auch zwischen den Abteilungen nach Projketen festgestellt. Anderes Problem ist die Fluktuation von Experten.

Der zweite große Bereich von Problemen steht in Zusammenhang mit der Umsetzung der Projkete. Festgestellt ist das Fehlen der Kontrolle während der Umsetzung der Projekte und der Prüfung ihrer Rechtmäßigkeit. Zusätzliche Quelle von Problemen stellt die Bewahrung der Dokumentation dar. Bei manchen Projekten sind die Dokumente gar nicht bewahrt worden.

Der Rechnungshof hat auch Konflikt von Interessen festgestellt. 2007 wurden Rechnungsprüfungen der Verwaltungsorgane der operativen Programme „Verwaltungskapazität" und „Regionale Entwicklung" durchgeführt.