Подобряване състоянието на водата, въздуха и почвите в районите с натрупване на екологични проблеми  включва прилагането на мерки, които ще подобрят екологичната обстановка в зависимост от териториалния обхват на увреждането, обхвата на засегнатото население, концентрацията на замърсяването и степента на вредност за човешкото здраве и природата. Стратегията предлага мерки, които ще въздействат в няколко направления: намаляване или елиминиране източниците на замърсяване, изчистване на замърсяването, възпрепятстване преноса на замърсяване от един на друг компонент и предпазване от замърсяване. Според характера си мерките могат да се групират като: устройствени, програмни, технически и технологични, и институционални мерки, както и партньорство с бизнеса и гражданите.

Устройствени мерки

• Районите с натрупани екологични проблеми следва да се развиват на базата на устройствени схеми и планове, в които се определят специални режими на застрояване и инвестиции, и ограничения върху правата на собственост. Режимите целят както екологична териториалноустройствена защита, така също и териториалноустройствена превантивна защита. За целесъобразно устройство, териториите с натрупани екологични проблеми могат да се групират в устройствени зони, които се определят с общите и подробните устройствени планове.
• За територии или зони с режим на защита или превантивна защита може да се създават специфични правила и нормативи към общите и подробните устройствени планове.
• От друга страна, съществуващите и предвидените за разработване национални и регионални програми, стратегии и планове за управление на водите, въздуха и почвите, както и тези за стимулиране използването на екологично чисти горива, източници на енергия, възстановяване на нарушени земи, оползотворяване на отпадъците и др., следва да предвиждат устройствени мерки за решаване на екологичните проблеми. Ефективността на предложените по-долу технически и институционални мерки може да се повиши с инкорпорирането в тях на специфични устройствени инструменти .

Програмни мерки

• Качеството на атмосферния въздух в цялата страна след 2010 г. трябва да отговаря на стандартите, заложени в националните наредби и директивите на ЕС. Предпоставка за това е разработването и изпълнението на програми за управление на качеството на атмосферния въздух в районите с влошено качество на въздуха.
• Повишаване употребата на по-екологично чисти горива като природен газ за битово отопление и увеличение дела на газифициране на домакинства с 30% до края на 2010 г. е цел, за чието реализирането е необходимо да се разработи Национална програма за газифициране на битовия сектор.
• Замърсяването на атмосферния въздух може значително да се намали като се намали средната възраст на автомобилния парк в страната с 8 години до 2015 г. Необходимо е предприемането на комплексни мерки, заложени в Национална програма за поетапно обновяване на автомобилния парк в страната.
• Опазването на водите в България е първостепенна задача на национално, басейново и общинско ниво и може да се осъществи с разработването и изпълнението на  Национална стратегия за интегрирано управление на водите и на водния сектор.
• Опазване на земеделската земя и развитие на биологично селскостопанско производство ще се постигне с изпълнение на Национален план за развитие на биологичното производство и Национална стратегия за опазване на почвеното плодородие.
• Прилагане на екологична оценка на устройствени планове, планове и програми за развитието на икономически сектори и инвестиционни проекти като основен механизъм за опазване на околната среда.

Технически и технологични  мерки

• Концентрациите на опасни вещества от промишлеността в атмосферния въздух на всички населени места през 2010 г. не може да надвишават максималните допустими концентрации, заложени в наредбите. Инструментите, с които може да се постигне това, са: издаването на комплексно разрешение за предотвратяване и контрол на замърсяванията (КПКЗ) за предприятия, изпускащи опасни вещества, надвишаващи стандартите, прилагане на схеми за освобождаване от данъци и такси за операторите, инвестиращи в реконструкцията и модернизацията на промишлени предприятия и контрол. До 2007 г. всички предприятия, обхванати от КПКЗ, трябва да имат комплексно разрешително или да бъдат затворени. До края на 2006 г. всички промишлени предприятия трябва да дефинират потенциалния риск от аварии и да изготвят аварийни планове в съответствие с изискванията на ЗООС.
• Намаляване замърсяването на атмосферния въздух чрез увеличаване употребата на възобновими енергийни източници и подобряване ефективното използване на енергия чрез изграждане на микро ВЕЦ, използване на биомаса и метан от сметищата за производството на електроенергия.
• Подобряване качеството на въздуха чрез развитие на екологично чист транспорт, подобряване качеството на горивата и увеличение дела на железопътния и комбинирания транспорт с 15 % до края на 2009 г.
• Делът на непречистените отпадъчни води, зауствани във водните обекти, трябва да се намали под 5 % до 2014 г. Това ще се постигне с изпълнение на националните програми за строителство и реконструкция на канализационни мрежи и градски пречиствателни станции за отпадъчни води.
• Наличието на опасни вещества във водните обекти трябва да бъде елиминирано, като 100% от индустриалните отпадъчни води трябва да се преработват през 2007 г. За тази цел всички източници на замърсяване във всеки речен басейн трябва да бъдат инвентаризирани, да се изготвят регионални и национални регистри на предприятията, заустващи отпадъчни води, предприятията да пречистват отпадъчните води, които заустват в канализационната система, да се контролира замърсяването на водите в т.ч. с нитрати от селскостопански източници.
• Минимизиране на екологичните рискове от стари замърсявания от промишлени обекти и от ликвидирани уранови рудници ще трябва да се осъществи до края на 2008 г. Всички ликвидирани обекти трябва да бъдат приведени в съответствие с екологичните изисквания, да бъдат санирани и да се контролират.
• За опазване на земеделската земя ще допринесе прилагането на КПКЗ в селскостопанския сектор, както и изграждането на мощности за производство на компост и биохумус от оборски тор.
• Изграждане на ново технологично равнище на регионалната икономика чрез въвеждане на екологично чисти технологии.